درگاه:حوزه و روحانیت/مقاله برگزیده
امام خمینی اگرچه اختلاف نظرهایی با آیت‌الله بروجردی داشت اما همیشه احترام و ملاحظه شخصیت و مقام ایشان به عنوان مرجعیت عام شیعیان را داشت. امام خمینی هرگز به صورت علنی در مقابل آیت‌الله بروجردی به مخالفت برنخاست بلکه تلاش در تقویت مرجعیت شیعه می‌نمود.
اختلاف سلیقه به‌خصوص میان دو فرد صاحبنظر را امری طبیعی خوانده‌اند. در روابط امام خمینی با آیت الله بروجردی نیز چنین اختلاف دیدگاه‌ها و سلیقه وجود داشت. آیت‌الله بروجردی اعتقاد به اصل ولایت فقیه داشت ولی بر خلاف امام خمینی محدوده کمتری برای آن قائل بود. آیت‌الله بروجردی زمانه را برای یک قیام بر علیه حکومت محمدرضا شاه فراهم نمی‌دید و بیشتر به تقویت حوزه علمیه قم اهتمام داشت.
امام خمینی از جمله افرادی بود که از آیت الله بروجردی برای اقامت در قم و پذیرفتن ریاست حوزه علمیه قم، دعوت کرده و نقش مؤثری داشت. پس از ورود آیت‌الله بروجردی به قم، امام خمینی در دروس ایشان شرکت می‌کردند. آیت‌الله بروجردی نیز در برخی مسائل با امام خمینی مشورت می‌کرد «از جمله قضیه آقای برقعی که در کنگره سوسیالیست‌ها در لوزان سوئیس شرکت کرده بود و مراسم استقبال او توسط توده ای‌ها موجب اعتراض گسترده روحانیون شده بود، آیت‌الله بروجردی خبرنگاران را به امام ارجاع می‌دادند.