مهمترین آسیب و چالش فراروی استقلال حوزه که نتایج و پیامدهای نامطلوبی را به دنبال دارد، برداشت نادرست از مفهوم استقلال حوزه از دولت است. در این نگرش استقلال در مقابل تعامل و ارتباط و به معنای قطع ارتباط حوزه با دولت معنا می‌شود. عدم ارتباط حوزه با دولت و قطع اتصال این دو به معنای محروم نمودن نظام از سر چشمه زلال معارف و تعالیم اصیل دین است که از سوی حوزه‌های علمیه و روحانیت تراوش می‌کند و بی‌توجهی نظام به حوزه تنها گذاردن حوزه در برابر مسئولیت‌های بزرگی است که بر عهده دارد. معنای استقلال حوزه و روحانیت از نظام اسلامی این نیست که رابطه خود را با نظام اسلامی قطع نماید و در قبال آن هیچ موضع‌گیری نکند زیرا مسئولیت حوزه و روحانیت نه تنها در حدوث و برپایی نظام اسلامی خلاصه نمی‌شود بلکه در ادامه حرکت نظام و استمرار آن، حوزه و روحانیت نقش و مسئولیت سنگین تری را بر عهده دارند و نمی‌توانند نظام اسلامی را رها نموده و نسبت به آن بی‌تفاوت باشند. چنین نگرشی به معنای استقلال حوزه و روحانیت از نظام اسلامی موجب دور ماندن آنان از مسئولیت و وظیفه خویش شده و پیامدهایی نامطلوبی همچون بی‌تفاوتی و عدم حمایت و همکاری با نظام اسلامی را به دنبال دارد که ماهیت و هویت اصیل حوزه و روحانیت آن را برنمی‌تابد.
| 
