درگاه:حوزه و روحانیت/مقاله برگزیده
استقلال حوزه‌های علمیه به معنای عدم وابستگی حوزه و روحانیت به دولت دانسته شده، به‌نحوی که حوزه یک نهاد مستقل محسوب گردد. استقلال حوزه در ساختار تشکیلاتی، برنامه‌ریزی، سیاست‌گذاری، جهت‌گیری، مسائل مالی و به طور کلی مسائل مربوط به نحوه اداره آن است. همچنین استقلال حوزه را در این دانسته‌اند که در هیچ‌کدام از مسائل، خط مشی خود را از دولت نگیرد و به طور مستقل عمل می‌کند.
از دغدغه‌های مهم عالمان برجسته حوزه‌های علمیه حفظ نهاد حوزه از دخالت حکومت‌ها و تأثیر از آنان بود و در تلاش بودند که استقلال حوزه‌ها محفوظ بماند. استقلال حوزه، این نهاد را از آلودگی‌های فکری و جور و ستم‌هایی که حکومت‌ها در طول تاریخ انجام می‌دادند دور می‌ساخت. عالمان دینی اعتقاد دارند حوزه‌های علمیه برای اینکه استقلال فکری و هویتی خود را حفظ کنند، می‌بایست از دیگر نهادهای حکومتی دور بمانند تا این نهاد از اهداف خود که فهم و ترویج دین اسلام است منحرف نشود.