درگاه:حوزه و روحانیت/مقاله برگزیده
استقلال حوزه‌های علمیه از مهمترین ویژگی‌های این نهاد دینی است که آن را از حکومت‌ها جدا می‌سازد. استقلال حوزه به معنای عدم وابستگی حوزه و روحانیت به دولت دانسته شده و یک نهاد مستقل محسوب می‌گردد که در ساختار تشکیلاتی، برنامه‌ریزی، سیاست‌گذاری، جهت‌گیری، مسائل مالی و به طور کلی مسائل مربوط به نحوه اداره آن، وابسته به دولت نبوده و در هیچ‌کدام از این مسائل خط مشی خود را از دولت نمی‌گیرد و به طور مستقل عمل می‌کند.
از دغدغه‌های مهم عالمان برجسته حوزه‌های علمیه حفظ نهاد حوزه از دخالت حکومت‌ها و تأثیر از آنان بود و در تلاش بودند که استقلال حوزه‌ها محفوظ بماند. استقلال حوزه، این نهاد را از آلودگی‌های فکری و جور و ستم‌هایی که حکومت‌ها در طول تاریخ انجام می‌دادند دور می‌ساخت. عالمان دینی اعتقاد دارند حوزه‌های علمیه برای اینکه استقلال فکری و هویتی خود را حفظ کنند، می‌بایست از دیگر نهادهای حکومتی دور بمانند تا این نهاد از اهداف خود که فهم و ترویج دین اسلام است منحرف نشود.